Phiên bản beta công khai đầu tiên của AutoHotkey được phát hành vào ngày 10 tháng 11 năm 2003[5] sau đề xuất của tác giả Chris Mallett nhằm tích hợp sự hỗ trợ phím tắt vào trong AutoIt v2 nhưng thất bại trong việc nhận được phản hồi từ cộng đồng AutoIt.[6][7] Vì vậy tác giả bắt đầu chương trình riêng của mình từ đầu dựa trên cú pháp của AutoIt v2 và sử dụng v3 cho một số lệnh và trình biên dịch.[8] Sau đó, AutoIt v3 chuyển từ giấy phép GPL sang mã nguồn đóng bởi vì "những dự án khác liên tục lấy mã nguồn của AutoIt" và "xây dựng lên thành đối thủ cạnh tranh."[9]

Năm 2010, AutoHotkey v1.1 (trước đây gọi là AutoHotkey_L) trở thành nền tảng cho sự phát triển liên tục của AutoHotkey.[10] Một cổng khác của chương trình là AutoHotkey.dll.[11]